在2004年11月15日，随着采用2560颗AMD皓龙处理器的曙光4000A系统正式启动，上海超级计算中心从此实现了我国高性能计算机研发与应用双跨越，使中国成为世界上第3个能制造10万亿次商品化高性能计算机的国家。当时的上海超级计算中心计算速度在国际上排名第10，在我国排名第1。
近日，随着2007年中国高性能计算机TOP100排行榜。此时榜单上的上海超算中心已被中石化胜利油田及中国国家气象局超越，目前排名第3。
目前，上海超算中心第三期工程正在紧锣密鼓的准备着，已经有多个国内外知名处理器与服务器厂商参与了超算中心三期工程方案的选型。上海超算中心并行计算主管姚继锋博士向比特网记者表示，而上海超算中心将继续选择国内耕耘高性能计算领域多年的厂商——曙光，作为工程的整体解决方案提供者，姚博士进一步表示，将在今年完成的上海超算中心三期，将重返中国高性能计算性能第一的宝座。
与目前中国超算排行前两名的中石化与气象局的专属性质的超级计算机不同，作为上海市委市政府的果断决策，由市财政出资，设独立机构运作，建设向全社会开放的公共服务超级计算平台，上海超级计算中心不仅服务于上海气象、宝山钢铁等本地计算应用，每时每刻还通过远程网络让数十个来自全国各地的用户能够使用超级计算机解决复杂的数据运算难题。上海超算中心用户数量达到数百名，来自全国20个省市，高校和企业也慕名而来。包括上海在内的各地用户，大都承担着国家级项目，包括国家自然基金委、863专项、973专项等重要科研项目，这些“国字号”计算项目占总数八成以上。
据上海超算中心并行计算主管姚继锋介绍，中科院上海天文台关于“天体磁流体动力学”和“宇宙大尺度结构”两个大型数值模拟项目，平均每天占用约3000个“CPU小时”。这种天文数字般的“用脑量”，相当于3000台高配置的个人计算机，同时不间断工作一个小时;换言之，假使单台计算机也能够胜任，那么上海超算计算一天，它要算上4个月。
最新数据显示，该机组目前所承担的国家级项目数超80%，主机平均利用率超80%，科学计算所占资源比重超80%，意味着这一科研公共服务平台已发展成为一台“全国超算”。姚博士对记者表示，上海超级计算中心已经实现了盈利。
这台“国字号第一超算”对于来自全国各地用户的需求却不需要用户进入庞大缜密的运算机房，姚博士介绍说，目前的上海超算中心拥有通向华夏九州的远程网络，这构成了国家高性能计算的一个个“网格”，目前该中心正是国家网格一南一北两个主结点之一。上海超算中心已在宝钢集团、复旦大学、上海交通大学、同济大学、云南大学、中科院上海技术物理研究所、兰州市设立了分中心，将高性能计算资源延伸至企业、高校、科研院所等多类型单位，并将走出上海，走进大西部。
尽管正在筹建的上海超算中心三期工程已经选定了厂商，但上海超算中心并行计算主管姚继锋博士表示，数千台服务器处理器如何选择仍在对比测试。
处理器是超级计算机的神经中枢，而基于性能价格比，以及软件的综合考虑，国际上的普遍选择是用数千至数万颗x86处理器来构成超级计算机的运算节点。x86处理器是基于IA架构的，IA架构的全称则是英特尔架构(Intel Architecture)，是由英特尔公司倡导并推行的。据姚博士介绍，目前英特尔、AMD公司均送交了一些基于各自处理器的服务器给上海超算进行选型评估。
姚博士表示，不仅仅是硬件，超级计算与算法和软件也是密切相关的，在他的测试中显示，英特尔的四路四核至强7300MP系统在单进程的计算状况下，由于频率优势性能表现突出;而AMD送测的巴塞罗那处理器则由于内存直连架构，在浮点运算性能具有明显优势，而且在多进程运行时效率更高。对于比特网记者对于上海超算中心是否会像二期那样最终选择AMD皓龙处理器的问题，姚博士表示现在下定论还嫌早，由于英特尔送测的是至强7300MP，目前的测试显示在北桥与处理器之间数据带宽还有瓶颈，而且上海超算是在实验室下对样机的初步测试，在一些技术参数与软件编译上还有改进的余地。在与记者的交谈中姚继锋博士也透露出对于英特尔新推出的45nm Penryn架构处理器的兴趣。
不仅仅是处理器架构的选择，对于目前多核化愈演愈烈的趋势，针对HPC方面的应用，姚继锋博士对记者也谈了他的一些看法。“在我们的测试下，核数越多，性能影响越大”姚博士说，对于超级计算来说，系统的计算能力不仅仅是处理器的数量多少，还在于整体运算效率的高低，而最新发布的国内超级计算TOP100排名榜上，比特网记者也看到，多数超级计算机效率在50%上下，这意味着在构成超级计算机之后，整体系统的实际性能相当于其处理器理论总体运算性能的一半左右，而处理器的多核化将可能把效率进一步降低。
“一些国内的HPC专家也表示，最适合HPC应用的应该是多路单核处理器”而对于目前的多核处理器唱主角的现状，作为高性能计算的专家，姚继锋博士多少显得有些无奈。
不仅单个处理器的多核化无法带来更大性能的提升，相对近年来硬件的飞速发展，高性能计算的软件发展水平显得相对较慢。“不断提升的硬件性能与架构，对高性能计算软件设计来说是个挑战”，姚继锋博士说，“要让软件设计水平与硬件发展速度并驾齐驱，我们还有很长的一段路。”
1月25日，国家发改委在官方网站发布高技术产业化"十一五"规划。高性能计算机"十一五"规划中信息产业领域领域的重要组成部分，上海超算中心在各领域支持，运作模式上显然具有代表意义。
